O estuário é um corpo de água costeira parcialmente fechado no qual a água do rio é misturada com água do mar. De um modo geral, o ambiente estuarino é definido por limites de salinidade e não por limites geográficos. O termo estuário é derivado das palavras latinas aestus (“a maré”) e aestuo (“fervura”), indicando o efeito gerado quando o fluxo das marés e o fluxo do rio se encontram. A Baía da Guanabara, a Lagoa dos Patos, a foz do rio Amazonas e do São Francisco são os principais estuários brasileiros. 
Estuários são locais onde os rios se encontram com o mar e podem ser definidos como áreas onde a água salgada é diluída com água doce. Em média, os estuários são biologicamente mais produtivos do que o rio adjacente ou o mar, porque eles têm um tipo especial de circulação de água que retém os nutrientes das plantas e estimula a produção primária (fitoplâncton). A água doce, sendo mais leve que a água salgada, tende a formar uma camada distinta que flutua na superfície do estuário. No limite entre a água doce e a salgada, há uma certa quantidade de mistura causada pelo fluxo de água doce sobre o sal e pelo fluxo e refluxo das marés. Mistura adicional pode ser causada de tempos em tempos por ventos fortes e por ondas internas que são propagadas ao longo da interface entre água doce e salgada.
Os estuários são classificados em quatro tipos, dependendo de suas origens:
- Desembocaduras de rios afogadas: são comuns em todo mundo, particularmente ao longo da costa atlântica dos Estados Unidos. É importante lembrar que o nível do mar aumentou aproximadamente 125 metros desde o fim do último maior período glacial, há aproximadamente 18.000 anos, o que resultou na incursão da água do mar para as desembocaduras dos rios. São exemplos de estuários York, James e Susquehanna e Baía Chesapeake, nos Estados Unidos, são exemplos desse tipo do estuário.
- Fiordes: são íngremes, sofrem erosões glaciais e tem o canal em forma de U. Eles têm de 300 a 400 metros de profundidade, mas tipicamente terminam em orla ou soleira rasa formada por depósitos glaciais terminais. Em fiordes com soleiras rasas ocorre uma pequena mistura vertical abaixo da profundidade da soleira, e as águas de fundo podem ficar estagnadas. Em fiordes com soleiras mais profundas, as águas de fundo misturam-se. Há fiordes na Noruega, Groenlândia Nova Zelândia, Alasca e Canadá ocidental.
- Estuários com barra: formam-se quando uma ilha ou um esporão de barreira são construídos paralelos à costa, acima do nível do mar. Como esses estuários são rasos e normalmente tem apenas uma pequena entrada que os conecta ao oceano, a ação da maré é limitada. As águas em estuários com barras são principalmente misturadas pelo vento. Albemarle e os Pamlico Sounds na Carolina do Norte e a Baía Chinconteage em Maryland, nos Estados Unidos, são estuários com barra.
- Tectônico: são reentrâncias costeiras formadas por imperfeição e subsidência locais. Tanto a água doce quanto a do mar fluem na depressão e formam um estuário. A Baía de San Francisco, nos Estados Unidos, é, em parte, um estudo tectônico.
